2025년 현재 해외직구 및 역직구 사업자가 반드시 숙지해야 할 부가가치세(VAT)와 관세 신고 절차를 최신 확정 제도를 중심으로 정리했습니다. 통관부터 세금 납부, 환급 절차까지 단계별로 안내드립니다.
서론
해외직구·역직구 사업자는 국내외 거래가 동시에 발생하기 때문에 부가가치세와 관세 절차가 복잡합니다. 특히 수입 통관 시 부과되는 관세, 부가세 납부, 그리고 판매 시 과세표준 신고가 각각 다르므로, 절차를 정확히 이해해야 불이익을 예방할 수 있습니다. 본 글에서는 국세청과 관세청의 최신 확정 자료를 근거로, 해외직구 및 역직구 사업자가 따라야 할 **세무·통관 신고 절차 전 과정을 총정리**합니다.
1. 사업자등록 및 과세유형 결정
해외직구·역직구 사업을 시작하려면 먼저 사업자등록을 해야 합니다. 국세청은 해외직구대행업을 업종코드 525105로 분류하며, 사업 개시 후 20일 이내 홈택스 또는 세무서에서 사업자등록을 해야 합니다. 부가가치세 과세유형은 일반과세자와 간이과세자로 나뉘며, - **일반과세자**: 연 매출 8,000만 원 초과 시 적용, 매입세액 공제 가능 - **간이과세자**: 연 매출 8,000만 원 이하, 세 부담 완화 가능하지만 매입세액 공제 불가 선택한 과세유형에 따라 신고 주기 및 공제 범위가 달라지므로, 초기 단계에서 세무사 상담을 거치는 것이 바람직합니다.
2. 수입 통관 및 관세 신고 절차
해외에서 국내로 상품이 들어올 때는 반드시 관세청 전자통관시스템 UNI-PASS를 통해 수입신고를 해야 합니다. 주요 절차는 다음과 같습니다:
- 수입신고서 작성 – 인보이스, 포장명세서, 운송서류(B/L, AWB 등)를 첨부
- 세액 계산 및 납부 – 관세 + 부가세를 합산 납부 후 납부영수증 확보
- 심사 및 통관 승인 – 서류 검토 후 이상이 없으면 수리 완료
수입 시 납부한 부가가치세는 이후 매입세액 공제 항목으로 반영할 수 있으므로 반드시 증빙자료를 보관해야 합니다.

3. 부가가치세 신고 및 매입세액 공제
해외직구·역직구 사업자는 분기별 부가세 신고를 통해 납부세액을 계산합니다. 국세청은 ‘해외직구대행업의 과세표준은 대행 수수료’임을 명확히 하고 있습니다. 즉, 소비자 결제 금액 전체가 아니라 사업자가 취득하는 수수료 금액이 과세표준이 됩니다. 따라서 매출세액 = 대행수수료 × 10%, 매입세액 = 수입 시 납부한 부가세 + 사업 관련 비용의 부가세. 매출세액 – 매입세액 = 납부세액(또는 환급세액)으로 신고합니다.
증빙 요건: 세관 수입신고필증, 부가세 납부 영수증, 세금계산서 등. 홈택스에서 전자신고가 가능하며, 일반과세자는 1월과 7월, 간이과세자는 1월에 일괄 신고합니다.
4. 역직구 수출 신고 및 부가세 환급
국내 사업자가 해외 소비자에게 물품을 판매하는 역직구의 경우, 부가가치세는 면세 대상이지만 반드시 수출신고를 해야 합니다.
- 수출신고 시 목록통관 또는 일반수출신고 선택 가능
- 수출신고가 수리되면 매출세액이 0%로 적용되어 환급 가능
- 수출대금 입금 내역, 송장, 운송서류 등 증빙 필요
또한 2026년부터는 해외 전자상거래 플랫폼 사업자(예: 아마존, 알리익스프레스 등)도 관세청 등록 의무가 신설되어, 특별통관제 적용 요건이 강화될 예정입니다.
5. 신고 기한 및 유의사항
부가가치세 신고 기한은 다음과 같습니다.
- 일반과세자: 1기 확정(7월 25일), 2기 확정(1월 25일)
- 간이과세자: 매년 1월 25일 1회 신고
기한을 지키지 않으면 신고불성실·납부불성실 가산세가 부과될 수 있습니다. 또한 수입 시 납부한 세금이 매입세액 공제 대상인지 여부를 확인해야 하며, 단순 구매대행이 아닌 ‘상품 재판매형 직구 사업자’라면 통관 유형과 세금계산서 발행 방식이 달라집니다.
결론 및 체크리스트
해외직구·역직구 사업자는 부가세와 관세 신고 절차를 명확히 이해해야 세무 리스크를 줄일 수 있습니다. 다음 체크리스트를 기준으로 신고를 준비하세요:
- 사업자등록 및 업종코드(525105) 확인
- 과세유형(일반·간이) 선택 검토
- 수입통관 시 부가세·관세 납부 영수증 보관
- 대행수수료를 과세표준으로 신고
- 역직구 수출 시 수출신고 및 환급 신청
- 신고 기한(1/25, 7/25) 준수
위 절차를 충실히 따르면, 복잡한 해외직구 세무 신고도 체계적으로 관리할 수 있습니다.